Fakultas Ekonomi Universitas Muria Kudus didirikan pada tanggal 12 Juni 1980 yang merupakan kelanjutan dari Sekolah Tinggi Ekonomi (STE) Kudus yang telah berdiri sejak 1967. Pada saat berdirinya mempunyai satu jurusan yaitu Jurusan Ekonomi Perusahaan dengan jenjang program sarjana Muda. Pada tahun 1983 jurusan Ekonomi Perusahaan berubah menjadi jurusan Manajemen dengan Program S1 Status terdaftar. Pada tahun 1989 statusnya meningkat menjadi diakui. Pada tahun 2017 Fakultas Ekonomi berubah menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis berdasarkan Keputusan Rektor UMK Nomor : 085/R.UMK/Kep/Sek/E.02.02/IX/2017.

Fakultas Ekonomi dan Bisnis UMK saat ini mengelola tiga program studi (Prodi) yaitu Program Studi Manajemen S1, Program Studi Akuntansi S1 dan Program Studi Manajemen S2. Program Studi Akuntansi D3 di-impassing pada tahun 2010. Status peringkat akreditasi untuk Prodi Manajemen S1 adalah B yang diperoleh pada tahun 2015, kemudian Prodi Akuntansi S1 mendapat peringkat akreditasi B pada tahun 2016 dan Prodi Manajemen S2 mendapatkan peringkat akreditasi B pada tahun 2017.